|
Τμήμα Μελετών |
Διευθύνων Σύμβουλος
|
Πληροφορίες: Νικη Μουρτζη, Υπεύθυνη Τμήματος Μοριακής Βιολογίας, τηλ: 210-7783558 (108)
ΜΟΡΙΑΚΗ ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ ΜΕΤΑΛΛΑΞΕΩΝ ΣΤΟ ΚΑΡΚΙΝΟ ΤΟΥ ΘΥΡΕΟΕΙΔΟΥ
Το μοριακό τμήμα του διαγνωστικού και ερευνητικού κέντρου OMNIMED παρέχει τη δυνατότητα μοριακού ελέγχου σημειακών μεταλλάξεων στα γονίδια BRAF,NRAS, KRAS και HRAS, οι οποίες έχουν ενοχοποιηθεί για την ανάπτυξη καρκίνων του θυρεοειδούς. Πιο συγκεκριμένα, δίνεται η δυνατότητα ελέγχου των εξής μεταλλάξεων (Πίνακας 1)
Πίνακας 1: Σημειακές μεταλλάξεις που ανιχνεύονται με τη συγκεκριμένη δοκιμασία καθώς και το όριο ανίχνευσης (Limit of Detection,LOD) για κάθε μία εξ αυτών.
| ΣΗΜΕΙΑΚΕΣ ΣΩΜΑΤΙΚΕΣ ΜΕΤΑΛΛΑΞΕΙΣ | |||
| Γονίδιο | Αμινοξική Αλλαγή | Νουκλεοτιδική Αλλαγή | Όριο Ανίχνευσης (Limit of Detection, LOD)* |
| BRAF | V600E | c.1799T>A | 0.25% |
| KRAS | G12A | c.35G>C | 0.42% |
| G12D | c.35G>A | 2.81% | |
| G12R | c.34G>C | 5.25% | |
| G12V | c.35G>T | 10% | |
| G13D | c.38G>A | 2.81% | |
| G12C | c.34G>T | 10% | |
| G12S | c.34G>A | 7.50% | |
| NRAS | Q61H(CAC) | c.183A>C | 0.32% |
| Q61H(CAT) | c.183A>T | 2.50% | |
| Q61L | c.182A>T | 1.88% | |
| Q61K | c.181C>A | 0.75% | |
| Q61R | c.182A>G | 2.50% | |
| HRAS | G12V | c.35G>T | 5% |
| G13R | c.37G>C | 2.5% | |
| Q61R | c.182A>G | 10% | |
*Όριο Ανίχνευσης,LOD: ορίζεται ως η χαμηλότερη αναλογία συγκέντρωσης μεταλλαγμένου/φυσιολογικού DNA που δίνει θετικό σήμα στη δοκιμασία.
Τα ποσοστά εμφάνισης των ανωτέρω μεταλλάξεων διαφέρουν ανάλογα με το τύπο του καρκίνου θυρεοειδούς και παρατίθενται στον Πίνακα 2.
Πίνακας 2: Συχνότητα μεταλλάξεων σε 5 διαφορετικούς τύπους καρκίνου του θυρεοειδούς
| Θηλώδης καρκίνος του θυρεοειδούς (Papillary Thyroid Cancer, PTC) |
Συχνότητα (%) |
| BRAF | 40-45 |
| RET/PTC | 10-20 |
| RAS | 10-20 |
| TRK | <5 |
| Θυλακιώδης καρκίνος του θυρεοειδούς (Follicular Thyroid Cancer,FTC) |
|
| RAS | 40-50 |
| PAX8/PPARγ | 30-35 |
| PIK3CA | <10 |
| PTEN | <10 |
| Μυελλοειδές καρκίνωμα θυρεοειδούς (Medullary Thyroid Cancer, MTC) | |
| Οικογενείς μορφές RET | >95 |
| Σποραδικές μορφές RET | 40-50 |
| Αναπλαστικός καρκίνος θυρεοειδούς (Anaplastic carcinoma, ATC) |
|
| TP53 | 70-80 |
| β-Catenin (CTNNB1) | 60-70 |
| RAS | 40-50 |
| BRAF | 20-30 |
| Καρκίνος του θυρεοειδούς πτωχής διαφοροποίησης (poorly differentiated carcinoma ,PDC) |
|
| RAS | 25-30 |
| β-Catenin (CTNNB1) | 10-20 |
| TP53 | 20-30 |
| BRAF | 10-15 |
Αρχή της μεθόδο
Η ανίχνευση των μεταλλάξεων γίνεται με τη μέθοδο της Real-Time PCR και συγκεκριμένα με τη χρήση του κιτ “Thryroid Cancer Mutation Analysis Kit” (Entrogen Inc) που φέρει πιστοποίηση CE-IVD για in-vitro διαγνωστική χρήση. Ειδικότερα, σε κάθε αντίδραση προστίθενται εκκινητές για τον πολλαπλασιασμό των περιοχών στόχων καθώς και ανιχνευτές σημασμένοι με φθοριοχρώματα που είναι ειδικοί για το φυσιολογικό και μεταλλαγμένο αλληλόμορφο. Παράλληλη, η επιτυχία της πειραματικής πορείας καθώς και η παρουσία ικανής ποσότητας DNA από το εξετασθέν δείγμα ελέγχεται με την προσθήκη εκκινητών ειδικών για τον πολλαπλασιασμό του ανθρώπινου γονιδίου της β2-μικροσφαιρίνης (beta-2-microglobulin, B2M).
Σε περίπτωση αρνητικού αποτελέσματος για τις παραπάνω σημειακές μεταλλάξεις δίνεται η δυνατότητα ελέγχου 3 χιμαιρικών γονίδιων RET/PTC1, RET/PTC3 και PAX8/PPARγ με επιπρόσθετη εξέταση που κοστολογείται στην ίδια τιμή. Η θετική προγνωστική αξία του συγκεκριμένου πάνελ που περιλαμβάνει τις σημειακές μεταλλάξεις καθώς και τα τρία χιμαιρικό γονίδια εκτιμάται στο 88%.