Σημασία της σύστασης του υλικού εκχύλισης του RNA του ιού στην αξιοπιστία της μοριακής μεθόδου ανίχνευσης του SARS-CoV-2

Όπως είναι καλά γνωστό, η ποιότητα του RNA που εκχυλίζεται από δείγματα που πρόκειται να ελεγχθούν για την παρουσία COVID-19 έχει καθοριστική σημασία για την αξιοπιστία των αποτελεσμάτων που λαμβάνονται με τη μοριακή μέθοδο Real-Time PCR.

Το RNA είναι ένα πολύ ευαίσθητο μακρομόριο και απαιτεί χαμηλές θερμοκρασίες για τη διατήρησή του και την μη αποικοδόμησή του. Η μετέπειτα διενέργεια μοριακού ελέγχου COVID-19 σε δείγματα ασθενών με αποικοδομημένο RNA εγείρει σοβαρό κίνδυνο ψευδώς αρνητικών αποτελεσμάτων.

Η Omnimed στην προσπάθεια της να παρέχει έγκυρα αποτελέσματα για την ανίχνευση του ιού COVID-19 αξιολογεί συστηματικά την ποιότητα των RNA που εκχυλίζεται από τα δείγματα με την πλέον έγκυρη μέθοδο της ηλεκτροφόρησης δειγμάτων RNA σε αναλυτή Bioanalyzer του οίκου Agilent.

Από την ανάλυση προκύπτει ότι το ρυθμιστικό διάλυμα στο οποίο τοποθετείται ο στειλεός με το ρινοφαρυγγικό επίχρισμα του ασθενούς, καθώς και οι συνθήκες συντήρησης των δειγμάτων είναι παράγοντες καθοριστικής σημασίας για την ποιότητα του  RNA των δειγμάτων στα οποία πρόκειται να γίνει μοριακός έλεγχος. Πιο συγκεκριμένα, υλικά εκχύλισης του RNA  από το στειλεό που δεν περιέχουν αναστολείς της ριβονουκλεάσης (ισοθειοκυανική γουανιδίνη) είναι πολύ πιθανό να είναι ακατάλληλα καθώς δεν διασφαλίζουν την ακεραιότητα του RNA. Με τη χρήση τέτοιου τύπου ρυθμιστικών διαλυμάτων, η δράση της ριβονουκλεάσης δεν παρεμποδίζεται και το RNA φαίνεται να υφίσταται αποικοδόμηση μέσα σε μικρό χρονικό διάστημα. Το πρόβλημα αυτό καθίσταται σαφώς οξύτερο αν επιχειρείται ανάμειξη περισσότερων δειγμάτων (pooling) πριν την εκχύλιση του RNA. Επίσης, έχει διαπιστωθεί ότι τα δείγματα COVID-19 θα πρέπει να μεταφέρονται υπό συνθήκες ψύξης στο εργαστήριο όπου θα διατηρούνται στους 2 – 8 οC μέχρι να πραγματοποιηθεί ο μοριακός έλεγχος (< 12 ώρες).

Λαμβάνοντας υπόψιν αυτά τα αποτελέσματα, το εργαστήριο της Omnimed χρησιμοποιεί ειδικά υλικά εκχύλισης RNA του ιού με αναστολείς της ριβονουκλεάσης και διασφαλίζει τη σωστή μεταφορά και συντήρηση των δειγμάτων COVID-19 πριν ακολουθήσει η διαδικασία κυκλοποίησης.

 

Νίκη Μούρτζη, Μοριακή Βιολόγος, Υποψήφια Διδάκτορας

Βάσια Ψυλλάκη, Χημικός, MSc