Μεταλλάξεις SARS-CoV-2 και διαφυγή από τον έλεγχο του ανοσοποιητικού

Η εξάπλωση του SARS-CoV-2 έχει εξελιχθεί ραγδαία. Έπειτα από την εμφάνιση των πρώτων εμβολίων έναντι αυτού, η πανδημία φαίνεται να μην υποχωρεί, με όλο και περισσότερες μεταλλάξεις του ιού να κάνουν την εμφάνισή τους. Τα πιο ανησυχητικά στελέχη του ιού που έχουν ανιχνευθεί έως τώρα είναι το Β.1.1.7 (Αγγλίας), το P.1 (Βραζιλίας), το Β.1.351 (Ν. Αφρικής) και το B.1.617 (Ινδίας), τα οποία έχουν υψηλό ποσοστό επιπολασμού .

Αυτονόητο είναι ότι η περιπλοκότητα αυτή επιβάλλει ένα αξιόπιστο έλεγχο τόσο στο real-time PCR, όσο και στον αντιγονικό έλεγχο (rapid test) ώστε να εξασφαλίζονται αληθή αποτελέσματα. Ας σημειώσουμε ότι μία μετάλλαξη στην περιοχή θα μπορεί να επηρεάσει την αξιοπιστία του rapid test.

Οι μεταλλάξεις στην πρωτεΐνη επιφανείας του ιού (πρωτεΐνη S), στην υπομονάδα RBD, ενδέχεται να είναι υπεύθυνες για την μεταδοτικότητα του, ενώ η μελέτη των μεταλλάξεων που εντοπίζονται στην πρωτεΐνη του καψιδίου του (πρωτεΐνη Ν) θα βοηθήσουν στην έγκυρη ανίχνευση του ιού .

Για κάθε στέλεχος του ιού SARS-CoV-2 εντοπίστηκαν οι παρακάτω μεταλλάξεις:

Στέλεχος Μετάλλαξη
Alpha B.1.1.7 (Αγγλίας)  

N501Y, R203K, G204R, E378Q, I292T, D3L, S235F, H69del, V70del, Y144del, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H, S494P, S194L, P13L

 

Beta B.1.351 (Ν. Αφρικής)  

K417N, E484K, N501Y, T205I, D80A, L242del, A243del, L244del, R246I, D614G, A701V, L18F, D80A, D215G, LAL242-244 deletion, R246I, D80Α, T205I, A220V, P13L

 

Gamma P.1 (Βραζιλίας)  

K417T, E484K, N501Y, P80R, L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, D614G, H655Y, T1027I, V1176F

Delta    B.1.617.2 (Ινδίας)  

L452R, T478K, D63G, R203M, D377Y, T19R, G142D, del157/158, L452R, D614G, P681R, K417N

Epsilon B.1.427/B.1.429 (Καλιφόρνια) W152C, L452R, D614G, T205I

 

Οι μεταλλάξεις οι οποίες έχουν ανιχνευθεί συνολικά στις διάφορες περιοχές του γονιδιώματος του ιού, φαίνονται παρακάτω, ανάλογα με την περιοχή που εντοπίστηκαν . Εκτός από τα τέσσερα στελέχη υψηλού κινδύνου, που αναφέρθηκαν παραπάνω, οι μεταλλάξεις αφορούν και τα στελέχη B.1.427/B.1.429 (Καλιφόρνια) και Mink (Δανίας):

 

Περιοχή Μετάλλαξης SARS-CoV-2 Ονομασία Μετάλλαξης
Πρωτεΐνη N D377Y, P67S, R203M, D63G, T205I, G204R, E378Q, I292T, D3L, R203K, S235F, S194L, P13L, A220V, P80R
Περιοχή πρόσδεσης RBD L452R, E484Q, T478K, N501Y, S494P, K417N, E484K, Y453F
Πρωτεΐνη S (S1+S2) E154K, E484Q, T19R, G142D, E156G, del157/158, L452R, T478K, D614G, P681R, W152C, H69del, V70del, Y144del, P681H, T716I, S982A, D1118H, A570D, D80A, L242del, A243del, L244de, Y453F, L18F, D80A, D215G, LAL242-244 deletion, R246I, K417N, A701V, E484K, N501Y, T20N, P26S, D138Y, R190S, H655Y, V1176F

 

Όχι μόνο παρουσιάζονται ολοένα και περισσότερες, νέες μεταλλάξεις, αλλά μερικές από αυτές προσδίδουν στον ιό την ικανότητα να διαφεύγει σε κάποιο βαθμό του ελέγχου του ανθρώπινου οργανισμού. Αυτό προκύπτει διότι τα αδρανοποιητικά αντισώματα έχουν μειωμένη ικανότητα να συνδεθούν με τα μόρια του ιού και να αποτρέψουν την εισβολή του στα κύτταρα του οργανισμού. .

Βάσια Ψυλλάκη, Χημικός, MSc

Βιβλιογραφία:

  1. 01-07-2021; Available from: https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/.
  2. Ozono, S., et al., Naturally mutated spike proteins of SARS-CoV-2 variants show differential levels of cell entry. bioRxiv, 2020: p. 2020.06.15.151779.
  3. Li, Q., et al., The Impact of Mutations in SARS-CoV-2 Spike on Viral Infectivity and Antigenicity. Cell, 2020. 182(5): p. 1284-1294 e9.
  4. Hodcroft, E. 30-06-2021; Available from: https://covariants.org/.
  5. Wibmer, C.K., et al., SARS-CoV-2 501Y.V2 escapes neutralization by South African COVID-19 donor plasma. Nat Med, 2021. 27(4): p. 622-625.
  6. William M. Souza, M.R.A., Renata Sesti-Costa, Lais D. Coimbra,  Daniel A. Toledo-Teixeira,  Pierina L. Parise, Priscilla P. Barbosa, Karina Bispo-dos-Santos, Luciana S. Mofatto,  Camila L. Simeoni, Natalia S. Brunetti, Ingra M. Claro, , et al., Levels of SARS-CoV-2 Lineage P.1 Neutralization by Antibodies Elicited after Natural Infection and Vaccination. SSRS Electronic Journal, 2021.